Die Fakultät Architektur und Urbanistik gliedert sich hinsichtlich ihrer Forschungsschwerpunkte in drei Institute: Institut für Europäische Urbanistik (IfEU), Bauhaus-Institut für Geschichte und Theorie der Architektur und Planung (Bauhaus-Institut) und bauhaus.institut für experimentelle architektur (bauhaus.ifex). Die Institute gewährleisten intern das jeweils notwendige Quantum an Expertise zur Bearbeitung interdisziplinärer Forschungsthemen und bilden so jeweils eine fachliche Heimat und differenzierte Schnittmenge für alle Professuren der Fakultät. Sie kooperieren in unterschiedlicher Weise mit dem Institut für zukunftsweisende Infrastruktur an der Fakultät Bauingenieurwesen (b.is) und sind Träger des Forschungsschwerpunkts »Planen.Bauen.Erben« an der Bauhaus-Universität Weimar.
Institutionellen Charakter hat zudem das 2015 von Bauhaus-Universität Weimar und Ehtiopian Institut of Architecture, Building Construction and City Development gegründete Emerging City Lab. Es ist ein Zentrum, das Forschung und Lehre beider Institutionen miteinander vernetzt.
